Présenté mardi 12 novembre au juge Bruguière, Walid Naouar, le frère du kamikaze n'a pas souhaité répondre aux questions posées. Le magistrat l'a mis en examen pour "complicité d'assassinats et de tentative d'assassinats en relation avec une entreprise terroriste". Selon Maître Laurent Sabatier, son client trop fatigué par quatre jours de garde à vue et quatorze interrogatoires policiers a préféré garder le silence. Pendant son interrogatoire, Walid a juste assuré qu'il ignorait tout du projet terroriste de son frère. Le jeune homme est fortement soupçonné par les policiers d'avoir joué un rôle d'"interface" entre le kamikaze et le chef des opérations extérieures d'Al-Quaïda, Khaled Cheikh Mohamed. Les enquêteurs possèdent de nombreuses charges contre lui :

Walid a reconnu avoir acheté le téléphone cellulaire utilisé par Nizar Naouar pour contacter un haut responsable de Ben Laden juste avant de précipiter le camion rempli de gaz sur la synagogue de Djerba. Avant d'envoyer l'appareil en Tunisie, le jeune homme aurait lui même passé des coups de fil en Allemagne dans la région ou demeure un autre correspondant de son frère impliqué dans ce dossier. Ensuite, c'est encore Walid qui fait parvenir à Nizar, un faux permis de conduire. Le jour de l'attentat, ce dernier détruit la puce de son propre téléphone portable avec lequel il a passé de nombreux appels à l'étranger. Selon maître Sabatier, ces appels ont certes, été passés par Walid mais sur la demande expresse de son frère. Il devait contacter différents interlocuteurs pour que ces derniers rappellent Nizar en Tunisie. Les enquêteurs n'ont pas encore pu savoir, si Walid qui réside à Vénissieux fréquentait la mosquée de l'imam Bencheleli. Un des fils de ce dernier appartient au groupe des 6 français détenus par les Américains sur la base de Guantanamo, à Cuba. Mais outre, le frère du kamikaze, le juge Bruguière a mis également en examen pour "association de malfaiteurs en relation avec une entreprise terroriste", Tarek Hdia, un ami de la famille dont la carte bancaire a permis de payer le téléphone satellite ainsi que Mohammed Fehti Naouar, l'oncle de Walid.