Si les informations transmises par la France à Washington concernent la personnalité de Zacarias ainsi que "son cursus personnel", les renseignements que l'Allemagne doit communiquer à la justice américaine sont bien plus embarrassants pour la défense du jeune Français :
Selon le magazine "Der Spiegel", l'Allemagne dispose de deux ordres de virement qui permettent d'établir un lien entre Moussaoui et la cellule terroriste de Hambourg. C'est dans cette ville que plusieurs des pirates de l'air auteurs des attentats du 11 septembre résidaient et notamment, l'Egyptien Mohammed Atta, chef de la cellule d'Al-Qaïda à Hambourg.
Par deux fois, un jeune Arabe a effectué des virements sur le compte de Moussaoui aux Etats-Unis, où ce dernier suivait une formation de pilote. Les empreintes digitales trouvées sur les ordres de virement et les expertises graphologiques ont démontré qu'il s'agissait de Ramzi ben al-Shaiba. Ce Yéménite est soupçonné d'avoir participé à la préparation des attentats avec la cellule de Hambourg. Il fait actuellement l'objet d'un mandat d'arrêt international. Pour les services allemands, Zacarias Moussaoui aurait été choisi par Mohammed Atta pour être le quatrième pilote des avions détournés.

Selon un article publié par le Washingtonpost, Ramzi Binalshibh, un dirigeant d'Al-Qaïda capturé en septembre au Pakistan a déclaré aux enquêteurs américains que Zacarias n'était qu'un pilote remplaçant car il était jugé trop bavard et incapable de garder un secret. Par contre, il a confirmé que le Français avait bien rencontré en Afghanistan, Khalid Cheikh Mohammed, un Haut responsable d'Al-Kaïda qui lui aurait fourni plusieurs contacts aux Etats-Unis. Selon lui, Zacarias aurait reçu de l'argent pour préparer des attentats.